A história do atual Hospital Baptista de Sousa começa com o lançamento da primeira pedra do Hospital de S. Vicente, em 10 de Julho de 1880, pois todo o património físico e cultural desse hospital viria a ser transferido para o espaço onde hoje funciona a nossa instituição.
A obra só veio a terminar em 16 de Abril de 1899, data em que os empreiteiros José Coelho Serra & Cia a entregaram ao Governo.
A inauguração teve lugar a 14 de Setembro de 1901, presidida pelo Governador, Coronel de Artilharia, Arnaldo de Novais. Note-se que o Hospital já vinha funcionando, embora parcialmente, desde 1899 conforme se pode verificar na data inscrita no frontispício à entrada do Hospital Velho.
A maternidade do Hospital de S. Vicente foi inaugurada a 5 de Novembro de 1933, para no ano de 1939 ser instalado os serviços de RX.
Em 1944 inaugurou-se uma enfermaria destinada exclusivamente a doentes do foro cirúrgico.
A 28 de Maio de 1951 foi inaugurado o Dispensário de Puericultura em edifício anexo ao Hospital, para consultas de crianças até os 2 anos e consultas a grávida e puérperas.
Em 1952 começou a funcionar um Gabinete de Fisioterapia.
A 7 de Julho de 1956 foi inaugurado o Centro de Hemoterapia e Reanimação sob a orientação de 2 Professores da Universidade de Toulouse, tendo sido criado, simultaneamente, laboratório de Analises Clínicas.
Em 1955 foi criado o lugar de Enfermeira Parteira.
A 7 de Agosto de 1960 foi inaugurado a Escola de Enfermagem do Hospital de São Vicente.
Em 1967 foi montado um Gabinete de Electrocardiografia.
Por autorização superior foi dado o nome de Dr. Baptista de Sousa ao pavilhão de cirurgia do Hospital de S. Vicente em 09 de Setembro de 1944.
No ano de 1978 por motivo de reparação no Hospital de S. Vicente, transferiu-se temporariamente os serviços para o edifício da Ex Telégrafo, atual Telecom, junto à Praça Nova, onde viria a ser atribuído à instituição o nome do Dr. Baptista de Sousa.
Antes da independência de Cabo Verde tiveram início as obras do novo Hospital de São Vicente que só viria a ser inaugurado em Outubro de 1984, ao qual foi dado o nome de Hospital Dr. Baptista de Sousa, em homenagem ao português, José Baptista de Sousa, capitão-médico, cirurgião das forças armadas expedicionárias a Cabo Verde. Tendo permanecido em S. Vicente de 1942 a 1944.
(in história da Medicina em cabo- Verde, do Dr. Henrique Luberano Santa Rita Vieira)
Nós, funcionários do HBS, tendo como patrono uma figura tão impar, um puro humanista que soube saldar de forma brilhante a dívida para com o povo cabo-verdiano, para com o povo dessas ilhas, temos todas as razões do mundo para orgulharmo-nos de pertencer a esta instituição e prosseguir os passos do grande “anjo di céu” que um dia pousou em São Vicente e marcou o coração da gente desta Ilha”.